SD Patra Dharma 3 memiliki program jangka panjang.
- Pencapaian nilai rata-rata Ujian Akhir Sekolah Berstandar Nasional (UASBN) dan Ujian Akhir Sekolah (UAS) menjadi 8 untuk setiap mata pelajaran (3 mata pelajaran) yang di UASBN/UAS kan;
- Melahirkan juara Olimpiade Matematika dan IPA (MIPA) tingkat Kalimantan Timur;
- Menjadikan SD Patra Dharma 3 sebagai sekolah favorit dan unggulan di Balikpapan.
Sekolah memiliki pula program jangka menengah, yaitu:
- Mengikuti capaian Adiwiyata tingkat Mandiri
- Mengikuti lomba sekolah sehat tingkat Balikpapan;
- Mengembangkan kegiatan dan mengikuti kegiatan lomba keagamaan dan menjadi juara.
- Selain itu, sekolah juga tengah mengembangkan dengan intensif dan membina olah raga, kesenian, pramuka dan komputer.
***